Разъяснения, как быть работодателю в таком случае, дал Минтруд. В Письме Минтруда России от 05.03.2018 N 14-2/В-149 говорится: если сотрудника направляют в командировку по основному месту работы, то на работе по совместительству можно оформить отпуск без сохранения зарплаты. Работодатель вправе предоставить такой отпуск по письменному заявлению своего подчиненного.
Ведомство советует продумывать вопросы с командировками уже при заключении трудового договора о работе по совместительству. Нужно выяснить, предполагает ли основная работа сотрудника командировки, если да - урегулировать моменты, которые могут привести к разногласиям. В трудовом договоре с совместителем можно закрепить, что на время командировки по основному месту работы сотрудник пишет заявление на неоплачиваемый отпуск, а работодатель его предоставляет.